Su estructura política está formada por dos órganos de gobierno: la Asamblea General y la Junta Directiva.
La Asamblea General es el órgano superior para expresar la voluntad de la asociación, que se manifiesta mediante el voto de todos los socios.
La Junta Directiva es la encargada de la valoración de los proyectos presentados a propuesta de la gerencia del GDR y es la que decide, en última instancia, la concesión de subvenciones; tiene competencias para regir los designios de la asociación, resolver los asuntos de régimen interno y decidir todo aquello que no esté atribuido expresamente a la Asamblea General. Está integrada por 1 presidente, 2 vicepresidentes y 7 vocales, de forma que sus miembros son 50% públicos y 50% privados:
- Presidente: Mancomunidad de Desarrollo Condado de Huelva
- Vicepresidente 1º: Diputación de Huelva
- Vicepresidente 2º: Mancomunidad Campiña-Andévalo
- Vocal: Consejo Regulador D.O. Condado de Huelva
- Vocal: Federación Onubense de Empresarios de Huelva (FOE)
- Vocal: Unión de Pequeños Agricultores y Ganaderos (UPA)
- Vocal: Asociación de Mujeres ADAMA
- Vocal: Asociación de Mujeres PATERNINA
- Vocal: Cooperación y Desarrollo de Bonares, S.C.A.
- Vocal: Circulo Empresarial de Turismo Huelva
En la actualidad, la oficina técnica está compuesta por una gerente, un asesor jurídico y personal técnico y administrativo. La sede central se encuentra ubicada en el Polígono Industrial El Corchito, en Bonares, contando con cuatro despachos adecuados para el desarrollo de la actividad.
